目的によって2系統に分かれます。細胞ごとの遺伝子発現の違いを詳細に見たい場合は、細胞を個別の反応区画に分離して1細胞ごとにバーコードを付与するChromiumが該当し、集団平均では見えない細胞間の差異を扱えます。一方、組織内のどこにその細胞があるかという位置情報を保ったまま測定したい場合は、組織切片上で個々の分子を検出するin situ方式のXeniumが該当します。細胞を解離させるか否かが両者の分岐点になります。
測定目的に応じたプラットフォームの選び分けの考え方を扱います。具体的な実験手順や解析ソフトウェアには踏み込みません。
「細胞を解離させるかどうか」という一点を判断の分岐として提示しています。