公式FAQによれば、APECはWTOなどの多国間貿易機関と異なり、参加者に条約上の義務を課さず、拘束力のない約束と自主的な参加に基づいて運営されます。決定はコンセンサスで行われ、活動資金も加盟エコノミーからの少額の年間拠出（1999年以降、年間およそ338万米ドル）でまかなわれています。一方で、USTRによれば、プトラジャヤ・ビジョン2040のもとで自由で開かれた貿易・投資環境という戦略的優先事項を共有しており、条約ではなく合意形成を通じて方向性を示す点が特徴です。
条約型の貿易機関との運営方式の違い
拘束力のない約束とコンセンサスで運営される点が、条約上の義務を課す枠組みとの違いである。