Denoはデフォルトでファイル・ネットワーク・環境変数へのアクセスをサンドボックス化するセキュアバイデフォルトの設計を採用しており、明示的な権限フラグなしにアクセスを許可するNode.jsとはセキュリティモデルが根本的に異なります。
Node.jsとDenoのセキュリティモデル・設計思想の比較
セキュアバイデフォルトの権限モデルという設計思想の違い