最大の違いは、合成反応や蛍光撮像を経由せず核酸分子そのものを電気的に直接読み取る点です。リード長は原理上入力分子の長さに依存し、解読の進行中にリアルタイムでデータが出力されます。製品構成の面でも、携帯可能なMinIONから大規模用途のPromethIONまで同一原理で揃えており、実験室外での運用と大規模プロジェクトを同じデータ形式で扱えます。2026年上半期の製品成長は主にPromethIONが牽引し、同シーケンサーの売上は前年同期比で約15%増と報告されました。
読み取り原理の違い、リアルタイム性、製品スケールの連続性を比較軸として扱います。精度の数値比較は行いません。
直接読み取り・リアルタイム出力・同一原理での製品スケール展開という3点を相違点として挙げています。