両者とも第三者事業者が出品するマーケットプレイス型ECですが、楽天市場は店舗ごとの個性を活かした出店型、Amazon Marketplaceは統一された購買体験とFBA物流を軸にした運営という違いがあります。
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店舗個性重視 対 購買体験の均質性という設計思想の違い