AUの日常業務はAU委員会（AUC）が事務局として担い、アディスアベバに置かれています。委員会は委員長、副委員長、6人の委員で構成され、委員長と副委員長は総会が選び、6人の委員は執行理事会が選出して総会が任命するとAU公式ページは説明しています。2025年2月にはジブチのマフムード・アリ・ユスフ氏が委員長に選ばれました。
AUの運営体制、特に事務局の構成と選出方法。
総会や執行理事会など他の機関の権限の詳細は本回答の範囲外。