欧州医薬品庁（EMA）の公式発表によれば、Comirnaty（およびSpikevax）接種後にごくまれに心筋炎・心膜炎が発生する可能性があるとされています。EMAが2021年5月31日までのデータを審査した結果、欧州経済領域内で投与された約1億7,700万回分のComirnatyのうち、心筋炎の報告例は145件（約100万回あたり0.08件に相当）、心膜炎の報告例は138件でした。これらの症例の多くは接種後14日以内、特に2回目接種後、そして若い成人男性に多く見られたとされています。EMAはこれを受け、製品情報に心筋炎・心膜炎を新たな副反応として記載するよう義務付け、息切れ・動悸・胸痛などの症状が出た場合は速やかに医療機関を受診するよう呼びかける対応を取りました。ただし、EMAは「承認されているすべてのCOVID-19ワクチンについて、依然として便益がリスクを上回っている」と結論づけています。