AWS公式の料金ページによると、Amazon EKSのコントロールプレーンは、Kubernetesの標準サポート期間（最初の14か月間）では1クラスターあたり1時間0.10ドルの料金がかかる。標準サポート期間終了後、さらに12か月間の拡張サポートを利用する場合は1時間0.60ドルに料金が上がる。より高いキャパシティを必要とする場合は、コントロールプレーンの拡張ティア（XL: 1時間1.65ドル、2XL: 1時間3.40ドル、4XL: 1時間6.90ドル、8XL: 1時間13.90ドル）も用意されている。また、ノード管理を自動化する「EKS Auto Mode」を利用する場合は、起動されるAmazon EC2インスタンスの種類と稼働時間に応じて秒単位（最低1分）で別途課金される。これらに加え、ワーカーノードが利用するEC2インスタンスやEBSボリューム、パブリックIPv4アドレスなど、基盤となるAWSリソースの費用も別途発生する。