FDAのCLIAページ（2023年7月17日更新）によれば、FDAは検査を複雑性に基づいて分類し、CMSは検査室の証明書を発行して規則・ガイダンスを公表し、CDCは分析・研究・技術支援を提供します。CMSのページ（2026年10月7日更新）は、州の調査機関（State Survey Agencies）がCLIA基準を設定・執行する権限を持つとも記載しています。42 CFR 493.1は、メディケア承認の要件とCLIA認証の要件が同一だとしています。つまり、基準の設定、分類、証明書の発行、現場での執行が複数の機関に分担されている構造です。
CLIAの運用に関わる機関の役割分担
単一機関ではなく、CMS・FDA・CDC・州の機関が分担して運用する点が特徴です。